Ученые из Оксфордского университета (Великобритания) испытали миниатюрный секвенатор ДНК, созданный компанией Oxford Nanpore. Устройство работает от ноутбука и дает вполне годные, воспроизводимые результаты, не хуже, чем дают большие, дорогие секвенаторы, сообщает университетская пресс-служба.
Секвенатор под названием MinION помещается в ладони и весит всего 90 грамм. Это самый маленький на сегодняшний день прибор, который может определять последовательность ДНК — носителя генетической информации в клетке. Его подключают к ноутбуку через обычный USB-порт. Он определяет отдельные основания ДНК, используя нанопоры — крошечные нанометрового размера дырочки в мембране. Когда основания молекулы проходят сквозь мембрану или рядом с ней, они создают заметный электрический ток, который регистрируется устройством.
Маленький секвенатор тестируют тысячи лабораторий по всему миру, чтобы убедиться в корректности его работы и улучшить конструкцию. Пять лабораторий из Великобритании, США, Канады и Нидерландов составляют группу, которая испытывает устройство на точность и воспроизводимость результатов. Группа проводит две серии по десять экспериментов, секвенируя геном лабораторной линии кишечной палочки E. Coli. Работа происходит по единому протоколу в многопользовательском режиме.
Испытания показали, что MinION выдает хорошие результаты, ошибок получается не больше, чем у больших приборов. Некоторые ученые показали, что устройство может работать и с полноценным геномом вируса гриппа и геномом дрожжей Saccharomyces cerevisiae.
Результаты тестов опубликованы онлайн в проекте F1000Research, предназначенном для рецензируемых публикаций открытого доступа. Это сделано специально, чтобы все заинтересованные ученые смогли взглянуть на данные и обсудить работу устройства. В этом деле важна скорость публикации. В опубликованной статье собраны данные за апрель 2015 года, но с тех пор устройство изменялось, у него заменяются чипы и к нему выпускаются новые комплекты каждые 3-6 месяцев.
На следующем этапе разработчики будут добиваться снижения предела ошибок в результатах прибора.
